La historia de los Parques Nacionales se remonta al año 1903, cuando el Perito Francisco Pascasio Moreno donó al Estado tres leguas cuadradas de las tierras que le habían otorgado por su intervención en la resolución del conflicto limítrofe que terminó con el Plebiscito de 1902. Este territorio fue la base para la creación, en 1924, del Parque Nacional del Sur, conocido actualmente como Nahuel Huapi. Poco tiempo después se fundó el Parque Nacional Iguazú, ambos instituidos con el fin de preservar los grandes escenarios naturales del país. La incorporación de estos lugares al sistema de los Parques Nacionales les otorgaba jerarquía y aumentaba su interés turístico a nivel internacional, pero existió además otro componente que fue muy importante en aquella época y tuvo mucho que ver con la geopolítica.
El 11 de Mayo de 1937 se creó la Reserva Nacional "Los Alerces" y siete años después, fue designado como Parque Nacional con el objetivo de proteger de la extinción a los bosques de alerce. También conocido como Lahuan, éste es uno de los árboles de mayor tamaño y más longevos del planeta, que entonces estaba en peligro de extinción por la explotación descontrolada perpetrada por el hombre. También se estableció que debía preservar varias especies amenazadas, entre ellas el Huemul, el pudú y algunos anfibios. El territorio debía proteger además los ecosistemas montañosos-lacustres, las aguas que los bañan y en especial a una espléndida muestra de los bosques andino – patagónicos donde predominan coihues, cipreses, radales, maitenes, ñires y lengas.

Se encuentra en el noroeste de Chubut, a 50 kilómetros de Esquel sobre el límite internacional con Chile. Ocupa una superficie total de 263.000 hectáreas que lo ubican cuarto en tamaño de los parques nacionales. Es la unidad de conservación terminal (en sentido Norte-Sur) del sistema de áreas protegidas de los bosques andinos de la región norpatagónica, integrado por los Parques Nacionales Lago Puelo, Nahuel Huapi, Arrayanes y Lanín. Toda esta área hoy es identificada como el Corredor de los Lagos. El Parque Nacional Los Alerces está cerca de la Cordillera de los Andes lo que permite el desarrollo de un tupido bosque Andino Patagónico y en la zona de mayores precipitaciones crece una selva valdiviana donde se destaca el Alerce o Lahuan, un árbol que puede vivir entre 3000 y 4000 años de edad.
El clima es templado-frío, con heladas y precipitaciones frecuentes hasta bien entrada la temporada estival. Sin embargo, las condiciones de altitud y exposición que se generan por el relieve montañoso dan lugar a microclimas con bolsones "cálidos".
Según los antecedentes históricos, el área fue poblada alrededor del año 1900 y al momento de creación del Parque, existían mas de cien familias asentadas a las que se autorizó a seguir permaneciendo en el lugar. Posteriormente se les otorgaron "Permisos Precarios de Ocupación y Pastaje", los que tienen el carácter de intransferibles y no heredables. En la actualidad existen dentro del área de Reserva Nacional 30 poblaciones. Además, el parque permite el desarrollo de actividades turístico-recreativas que van desde la pesca deportiva, las actividades náuticas y excursiones lacustres hasta el trekking y montañismo, al tiempo que ofrece playas de uso público y alberga servicios de alojamiento y gastronomía.

Los ambientes que forman parte del área protegida corresponden a la eco-región de bosque patagónico y alto andina. El clima es templado frío con gran estacionalidad. En el área se encuentra un complejo sistema lacustre de numerosos ríos, arroyos y espejos de agua. El paisaje de esta región es el resultado de una historia geológica con eventos de distinto origen y de gran magnitud, que permitieron una alta diversidad de ambientes. Como resultado de cambios climáticos a nivel planetario se acumularon grandes masas de hielo que cubrieron las superficies, erosionando y remodelando el paisaje anterior. Los valles, antiguos cauces de los glaciares, son geoformas suavemente onduladas interrumpidas de tanto en tanto por los lagos patagónicos, cuya extensión y profundidad muestran la medida de la magnitud del proceso. En la actualidad los glaciares y ventisqueros son remanentes de aquella acumulación de hielo. Las erupciones volcánicas ocurridas con posterioridad enmascararon parcialmente éstas manifestaciones glaciarias con cenizas volcánicas que se extendieron más allá del límite alcanzado por los glaciares. La ceniza retenida por la vegetación arbustiva presente en la zona más lluviosa adquirió consistencia y se volvió menos susceptible a la erosión eólica. Allí la vegetación aportó materia orgánica y la ceniza fina le dio permeabilidad al suelo, lo que permitió el crecimiento más sostenido de la vegetación, por tanto, el matorral fue reemplazado por un bosque alto y denso.

Hay una gran variedad de aves nativas en el Parque, como el chucao, el carpintero negro patagónico, el cóndor, el pato de los torrentes, el aguilucho y el zorzal patagónico. También es refugio de muchas especies de mamíferos, como el puma, el pudú, el gato huiña, el monito de monte, el huemul y el huillín. Este último es un mamífero semejante a la nutria que se encuentra únicamente en Chile y Argentina y está actualmente en peligro de extinción.
Se puede destacar al huemul, por ser considerado Monumento Natural desde 1996 para asegurar su preservación. Tienen una apariencia robusta, miembros cortos y un pelaje pardo, grueso y algo oleoso, lo que les permite nadar las aguas heladas y protegerse del frío. Sólo los machos tienen astas, poseen llamativas orejas de 25 centímetros, hocico y ojos brillantes. Viven en pequeños grupos y son herbívoros. Actualmente quedan poblaciones aisladas que se ven reducidas y amenazadas por la transformación de su entorno natural.
Entre las especies introducidas que viven en el Parque están el ciervo colorado, el jabalí y la liebre europea que generan cambios en el bosque y el ecosistema. En cuanto a los peces, han sido sembrados en los espejos de agua del Parque algunas especies exóticas de valor deportivo como la trucha arco-iris, trucha marrón, trucha de arroyo y el salmón encerrado.

El Parque Nacional está englobado en la cuenca que va del Río Grande en Argentina a Futaleufú en Chile. Este río desemboca en un lago del mismo nombre y luego desde el Yelcho esta vertiente llega al Océano Pacífico. Tiene un régimen relativamente regular, motivado por la presencia de lagos encadenados que regulan el escurrimiento de las abundantes precipitaciones nivales y pluviales. En la cuenca y dentro del parque se encuentra la represa Futaleufú, una de las represas más importantes del país, y el embalse Amutui Quimei, que en idioma mapuche significa "belleza perdida".

Los puntos de ingreso al área protegida cuentan con la necesaria presencia institucional a través de la cual se pueda prestar al visitante la atención e información que éste requiera, pero que sirva también como un claro indicador de que ha ingresado a un área protegida, recibiendo las recomendaciones correspondientes. El Parque Nacional cuenta con una Jefatura de Guardaparques con asiento en la Intendencia, situada en Villa Futalaufquen, y 3 jefaturas zonales: Norte, Centro y Sur, a las que se suman un total 13 seccionales, la mayoría situadas a lo largo del corredor formado por la ruta 71. La villa Futalaufquen es el único asentamiento urbano del Parque, con unas 50 viviendas y 200 habitantes, siendo la mayor parte de la población empleados de la Administración de Parques Nacionales con sus familias, gendarmes, docentes y empleados de la escuela.