Este lugar se protege por contar con un importantísimo bosque de lengas, ñires y coihues, pertenecientes al género Nothofagus. El lago se encuentra al pie del Cerro Cónico, que es límite natural con Chile, y se ubica a unos mil metros sobre el nivel del mar. Es un lugar ideal para descansar y contemplar la naturaleza y para deleitarse con vistas como la del glaciar colgante que nutre el lago. La Reserva Natural fue creada con el objetivo de cuidar la flora y fauna que existe alrededor de lago Baguilt y que, por estar a 1100 msnm de altura sobre el nivel del mar, tiene unas características muy diferentes de los demás lagos de la zona y del Parque Nacional Los Alerces. Dentro de la fauna existente se encuentra el huemul y las truchas Arco Iris y Fontinalis.